Poruka ne moze da izlazi ako ste sve izbrisali i nema nista u root direktorijumu...

Ako se poruka stalno pojavljuje prosto je nemoguce da vam je cist racunar i da su vam cisti fajlovi na hostu...
Prvo, sta imate od zastite na racunaru?
Drugo, obicno je index fajl zarazen odnosno u njemu se nalazi maliciozni kod...
Trece, ne preporucujem vam da preko FTP klijenta ubacujete fajlove nego preko file manager-a (bar dok se ne resi problem)...
Cetvrto, napravite ovakav dogovor sa hostom...
Neka vrate backup koji nije zarazen a onda odmah neka promene sifru za vas FTP, C-panel itd. Nakon toga prvo probajte da pristupite sajtu i uverite se da normalno funkcionise. Na kraju toga ostaje vam samo da vas racunar ocistite malo bolje...